Средняя школа №16 была открыта в 1976 г. Приказом Министерства просвещения Коми АССР, в 1997 и 2002 гг. меняла свой статус, с 2012 г. на основании Постановления АМО ГО «Сыктывкар» школа имеет статус МАОУ «Средняя общеобразовательная школа №16 г. Сыктывкара с углубленным изучением отдельных предметов».
МАОУ «СОШ №16» основывает свою деятельность на традициях классического отечественного образования в сочетании с инновационными методиками и современными технологиями.